פרופסור מן המניין, וראשת הקתדרה על שם ארתור רובינשטיין במוסיקולוגיה. ניהלה את בית הספר לאמנויות (2013—2015). מראשית 2014 מכהנת כמנהלת  תכנית עמיתי מרטין בובר במדעי הרוח והחברה באוניברסיטה העברית.

הכהן-פינצ׳ובר חוקרת את הדרכים שבהן המוסיקה משתתפת בעיצוב והדהוד עולמות דתיים, חברתיים ופוליטיים בין היתר בבחינת המוסיקה כמקור לקונפליקט ובידול חברתי ודתי, וכמדיום של פיוס, חמלה והזדהות.  שואלת על מרחבי המשמעות של המוסיקה, על צורות התודעה האופייניות לה ועל גבולותיהם  בזיקה ובהשוואה לצורות הבעה אמנותיות אחרות, ובהקשרים היסטוריים ותרבותיים משתנים.  האופרה, האורטוריה, השיר האמנותי והעממי והפסקול הקולנועי הן זירות ההתרחשות שדרכן בוחנת הכהן-פינצ'ובר היבטים אלה, בשילוב עם מחקר בתולדות הרעיונות ובמושגים פילוסופיים רלוונטיים. 

מחקריה כוללים בין היתר: את "עלילת הרעש" של הנוצרים כנגד היהודים (The Music Libel Against the Jews, Yale UP 2011 זוכה פרס קינקלדי מטעם האגודה האמריקאית למוסיקולוגיה ופרס פולונסקי. עם רות כ"ץ פרסמה את (Tuning the Mind: Connecting Aesthetics to Cognitive Science (Transaction, 2002). ספרה האחרון, עם ירון אזרחי להלחין כוח, לשיר חירות: קשרים גלויים וסמויים בין מוסיקה ופוליטיקה במערב עומד לצאת לאור בקיץ 2016 בהוצאת ון ליר והקיבוץ המאוחד. פרופ׳ הכהן-פינצ׳ובר הרצתה ושהתה במרכזי מחקר שונים בעולם, בין היתר במכונים ללימודים מתקדמים בברלין ובפרינסטון, במכון רוקפלר בבלג'יו, באוניברסיטאות אוקספורד, בראון, ג'ונס הופקינס, דוק, צפון קרוליינה, ניו יורק, באוניברסיטה האירופית בבודפסט ועוד.